Berikut ialah senarai penuh jendela perpindahan kedua untuk musim 2016:
LIGA SUPER
FELDA United FC
- Masuk: Fakri Saarani (Kedah)
- Keluar: Ezrie Sazali (Melaka), Ferris Danial Nasir (Melaka), Zul Fahmi Awang (Sime Darby)
Johor Darul Ta’zim JDT
- Masuk: Dominic Tan (JDT II), Hasbullah Abu Bakar (JDT II), Azrif Nasrulhaq (Selangor)
- Keluar: Amer Saidin (JDT II), Akram Mahinan (JDT II)
Kedah
- Masuk: Shane Smeltz (Sydney FC, Australia), Thiago Fernandes (FELDA United FC 2015)
- Keluar: Kahê (Ditamatkan kontrak), Sandro da Silva (Dibatalkan pendaftaran), Fakri Saarani (FELDA United FC)
Kelantan
- Masuk: Morgaro Gomis (Heart of Midlothian FC, Scotland), Wander Luiz (Tombense FC, Brazil)
- Keluar: Rozaimi Mat Noor (MOF FC), Farisham Ismail (Pulau Pinang), Faim Zainal Abidin (MOF FC), Draman Traoré (Ditamatkan kontrak), Jonatan Lucca (Ditamatkan kontrak)
Pahang FC
- Masuk: Claudio Meneses (CD San Luis de Quilotta, Chile), Pablo Vranjican (CDP Curicó Unido, Chile), Jailton Santos (EC Bahia, Brazil), Faysal Shayesteh (Songkhla United FC, Thailand), R. Dinesh, M.Kogileswaran, Helmi Eliza Elias
- Keluar: Zeshan Rehman (Ditamatkan kontrak), Dalibor Volaš (Ditamatkan kontrak), Germán Pacheco (Ditamatkan kontrak), Nejc Potokar (Ditamatkan kontrak)
PDRM
- Masuk: Fakrul Aiman Sidid (DRB-HICOM FC), Guilherme de Paula (Ethnikos Achna FC, Cyprus), Safiee Ahmad (PDRM FA Piala Belia), Fauzi Majid (Perlis), Eskandar Ismail
- Keluar: Ali Ashfaq (Ditamatkan kontrak), Izuan Salahuddin (DRB-HICOM FC), Fekry Tajudin, Safwan Hashim (DRB-HICOM FC)
Pulau Pinang
- Masuk: Jeong Seok-min (Jeonnam Dragons, Korea Selatan), Ranti Soleye (Kingfisher East Bengal, India), Farisham Ismail (Kelantan)
- Keluar: Brent Griffiths (Ditamatkan kontrak), Osas Saha (Ditamatkan kontrak)
Perak
- Masuk: Xhevahir Sukaj (FK Partizani Tirana, Albania), Syahmil Khairi, Razali Kandasamy (MISC-MIFA), Oybek Kilichev (Pakhtakor FC, Uzbekistan), Irfan Ghani (JDT II), Tuah Iskandar Jamaluddin (JDT II)
- Keluar: Vokhid Shodiev (Ditamatkan kontrak), Eric Lewis (Madura United FC, Indonesia)
Sarawak
- Masuk: Teah Baysah Dennis (Barrack Young Controllers FC, Liberia)
- Keluar: Davide Grassi (Ditamatkan kontrak)
Selangor
- Masuk: Ugochukwu Ukah (AEL Kallonis FC, Greece)
- Keluar: Robert Cornthwaite (Ditamatkan kontrak), Azrif Nasrulhaq (JDT)
Terengganu
- Masuk: Radhi Yusof (T-Team FC), Bogdan Milić (CA Osasuna, Spain), Hasrolsyawal Hamid (Hanelang FC), Suhaimi Husin (Hanelang FC)
- Keluar: Amirizdwan Taj bin Tajudin (Ditamatkan kontrak), Gustavo López (Dibatalkan pendaftaran), Juan Morales (Ditamatkan kontrak)
T-Team FC
- Masuk: Tiada
- Keluar: Radhi Yusof (Terengganu)
100PLUS Liga Premier
ATM
- Masuk: Khassan Abdukarimov (FC Khyzylzhar, Kazakhstan), Sirojiddin Rakhmatullaev (FC Mash’al, Uzbekistan), Boris Fomenkov (FC Okzhetpes, Kazakhstan), Faqih Ikhwan Fauzi, Noraiman Talib, Aiman Nasir, Suhairy Johari, Giyos Irisbekov (FC Ordabasy, Kazakhstan)
- Keluar: Zamri Yusuf, Syafez Mohammad, Faizul Saad
DRB-HICOM FC
- Masuk: Cedric Mbaga* (Bamboutos FC, Cameroon), Ibrahim Aziz (PB Melayu Malaysia), Izuan Salahuddin (PDRM), Safwan Hashim (PDRM), Shamar Fadzil, Iszwan Ismail
- Keluar: Philip Lund (Ditamatkan kontrak), Fakrul Sidid (PDRM), R. Sanjef Dinesh (FELDA United FC Piala Presiden)
Johor Darul Ta’zim JDT II
- Masuk: Rafael Bonfim* (Capivariano FC, Brazil), Darren Lok* (Eastbourne Borough FC, England), Azrul Haziq Aminuddin, Syafiq Heelmi Fikri, Amer Saidin (JDT), Akram Mahinan (JDT)
- Keluar: Dominic Tan (JDT), Hasbullah Abu Bakar (JDT), Tuah Iskandar Jamaluddin (Perak), Irfan Ghani (Perak), Shazalee Ramlee (Kuantan), Curran Ferns (Negeri Sembilan), Stuart Wark (Sabah)
Kuala Lumpur
- Masuk: Jonathan Zorrilla (CD Palestino, Chile), Diego Mellao (Deportes La Pintana, Chile), Ibrahim Syaihul (FELCRA FC), Nazri Ahmad (Sabah)
- Keluar: Anselmo da Silva (Ditamatkan kontrak), Mario Karlović (Ditamatkan kontrak), Azidan Sarudin (Air Asia All-Stars FC)
Kuantan
- Masuk: Shazalee Ramlee (JDT II), Sim Woonsub (Phnom Penh Crown FC, Kemboja)
- Keluar: Rohaizad Zainal Abidin, Shunsuke Nakatake (Ditamatkan kontrak)
Melaka
- Masuk: Reeshafiq Alwi (Air Asia All-Stars FC), Yaser Islame (CDP Curicó Unido, Chile), Alexandru Tudose (FC Petrolul Ploiești, Romania), Ezrie Sazali (FELDA United FC), Ferris Danial Nasir (FELDA United FC), Fadzley Abdul Rahim (Sabah), Khuzaimi Piee (SAMB FC), Saiful Mustafa
- Keluar: Faiz Suhaimi, Rusmanizam Roseland, Shin Jaepil (Ditamatkan kontrak), Shahir Ismail (SAMB FC), Balša Božović (Ditamatkan kontrak), Marco Stefan Petrovski (Meninggal dunia), V.Kavichelvan, Syazwan Nordin (SAMB FC)
Negeri Sembilan
- Masuk: Henrique Silva (Brisbane Roar FC, Australia), Goran Jerković (FK Iskra Danilovgrad, Montenegro), Curran Ferns (JDT II), Benjamin King* (Corinthian-Casuals FC, England)
- Keluar: Kevin Gunter (UiTM FC), Andrew Nabbout (Ditamatkan kontrak), Joel Joseph Chianese (Ditamatkan kontrak)
Perlis
- Masuk: Damion Stewart (Harbour View FC, Jamaica), Park Yongjun (Nagaworld FC, Kemboja), Charles Chad (Macaé Esporte FC, Brazil)
- Keluar: Obinna Nwaneri (Ditamatkan kontrak), Kayne Vincent (Ditamatkan kontrak), Fauzi Majid (PDRM), Edward Wilson (Ditamatkan kontrak)
PKNS FC
- Masuk: Tiada
- Keluar: Muhaimin Mohamad (MOF FC), K. Satish (Air Asia All-Stars FC)
Sabah
- Masuk: Robson Rendy Rining (NS Penjara FC), Everton Santos (Al-Musannah SC, Oman), Stuart Wark (JDT II), Muamer Salibašić (Sarawak 2014)
- Keluar: Fadzley Rahim (Melaka), Marco Silva (Ditamatkan kontrak), Nazri Ahmad (Kuala Lumpur), Prince Nnake (Ditamatkan kontrak)
Sime Darby FC
- Masuk: Zul Fahmi Awang (FELDA United FC), Charles Obi Ikechukwu (UiTM FC 2014)
- Keluar: Lee Gilhoon (Ditamatkan kontrak), Faiz Adnan
UiTM FC
- Masuk: Syafiq Syazwan Min, Syafiq Ramli (Hanelang FC), Franklin Touadéré (Đồng Tâm Long An, Vietnam), Oh Juho (National Police Commissary FC, Kemboja), Yosri Derma Raju (MISC-MIFA), John Matkin (FC Pyunik), Kevin Gunter (Negeri Sembilan), Moustapha Belibi (Al-Nahda Club, Oman)
- Keluar: G.Rohan, Kang Jin Ouk (Ditamatkan kontrak), Pavel Purishkin (Ditamatkan kontrak), Eliel Guardiano (Ditamatkan kontrak), Hasrul Hasim, Shammin Abdullah, Wafiq Wajdy, Hakeem Badri Fuad, Pavel Matiash (Ditamatkan kontrak)
* Pendaftaran dibuat sebelum tempoh jendela perpindahan kedua tamat, masih dalam proses kelulusan